Prodi/Jurusan Manajemen Sumber Daya Perairan didirikan pada tanggal 31 Agustus 2009, dengan nomor SK Penyelenggaraan:11086/D/T/K-N/2012. Mulanya, Jurusan Manajemen Sumber Daya Perairan ini berada di bawah naungan Fakultas Ilmu-Ilmu Pertanian, Jurusan Teknologi Perikanan, Universitas Negeri Gorontalo. 

Namun, pada tahun 2014, Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan berdiri sendiri dari Fakultas Ilmu-Ilmu Pertanian (sekarang: Fakultas Pertanian) berdasarkan SK Rektor No.869/UN.47/OT2014. Atas perubahan tersebut, kini Jurusan Manajemen Sumber Daya Perairan berada di bawah naungan Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan, Universitas Negeri Gorontalo.

Selama kurun waktu pembentukan tersebut sampai saat ini, Prodi/Jurusan Manajemen Sumber Daya Perairan telah menjalankan amanat tujuan dan sasaran prodi/jurusan yaitu:

1. Ikut berperan dalam mencerdaskan bangsa;
2. Sebagai bentuk tanggung jawab akademik sebagai lembaga yang mengembangkan ilmu pengelolaan sumber daya perairan;
3. Keahlian (kompetensi) dalam ilmu perikanan, khususnya pengelolaan sumber daya dan lingkungan perairan yang mencakup perairan umum dan laut yang dibutuhkan dalam pengelolaan oleh masyarakat;
4. Mempersiapkan tenaga yang siap dalam lapangan pekerjaan untuk ilmu perikanan di bidang pengelolaan sumber daya;
5. Menjadi alternatif bagi peminat perguruan tinggi di daerah Gorontalo bidang sumber daya perairan dan masalah pengelolaan sumber daya dan lingkungan perairan yang berkelanjuran sesuai prinsip pengelolaan untuk pembangunan daerah dan negara yang belum tersedia di wilayah Gorontalo.

Adapun gelar akademik yang disandang oleh lulusan dari Prodi/Jurusan Manajemen Sumber Daya Perairan, Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelauatan, Universitas Negeri Gorontalo adalah Sarjana Perikanan (S.Pi.).